Census of Marine Mediterranean Benthic Biodiversity: an integrative metabarcoding approach (CoMBoMed)

La protezione della biodiversità è ora riconosciuta come una sfida planetaria. Le comunità bentoniche marine mediterranee, come ad esempio i reef biogenici, rappresentano uno degli habitat più minacciati principalmente a causa dei disturbi umani.

Nel contesto delle crescenti pressioni umane, risulta fondamentale monitorare sia su scala spaziale sia su scala temporale la composizione di tali comunità. I reef biogenici, generalmente presentano una biodiversità molto più elevata a causa della loro maggiore complessità strutturale. Tali habitat infatti, compresi tra i 20 e 200 m di profondità, sono considerati degli hot spot di biodiversità. Ciononostante, attualmente, oltre l’80% delle specie mediterranee che abitano questi habitat sono sconosciute. Le specie criptobentiche, che vivono nascoste in fessure tra le rocce e che sono geneticamente distinte ma morfologicamente simili sono tra le specie più sconosciute.

I metodi molecolari, in particolare gli approcci di DNA barcoding e metabarcoding, offrono un grande potenziale per comprendere la ricchezza delle specie e, quindi, per monitorare la biodiversità. Talvolta, questi strumenti di sequenziamento di nuova generazione, veloci e facili, superano il lento e difficile riconoscimento tassonomico delle morfospecie, la cui difficoltà risulta essere ancora maggiore per le specie criptiche. D’altra parte, gli approcci che utilizzano i barcoding database (BOLD-System, Genbank) possono generare percentuali elevate di dati mancanti e di errori nell’assegnazione nell’identificazione della specie. La tassonomia integrativa rappresenta quindi uno strumento fondamentale per prevenire entrambi questi errori e per creare database locali da utilizzare nello sviluppo di un monitoraggio efficace della biodiversità.

CoMBoMed mira a promuovere un nuovo gruppo di lavoro europeo in grado di combinare l’identificazione delle specie molecolari (tramite DNA barcoding) con l’identificazione morfologica per sviluppare un database esaustivo del macrobentos mediterraneo che potrebbe integrare e migliorare i barcoding database universali (ad esempio, BOLD-System, Genbank) e gli inventari online delle specie marine.

 

Basandosi sulle conoscenze e sull’esperienza dei partner invitati sull’identificazione delle specie e sulle tecniche molecolari, CoMBoMed mira a:

 

1. Identificare le lacune e i conflitti tra i database tassonomici e quelli di DNA barcoding e come implementare queste lacune attraverso l’integrazione di diverse competenze e attraverso l’implementazione di database integrativi locali e inventari di specie che popolano i reef biogenici Mediterranei. Questi database saranno poi utilizzati attraverso un approccio di metabarcoding per il monitoraggio facile, veloce e standardizzato della biodiversità sia su scala spaziale che temporale;
2. Promuovere la consapevolezza dell’importanza della conservazione della biodiversità marina bentonica del Mediterraneo attraverso attività di sensibilizzazione principalmente incentrate sui giovani. Le attività comprenderanno attività sul campo e attività ricreative progettate per scoprire le specie che abitano questi habitat subtidali.
3. Costruire un team multidisciplinare mediterraneo che includa esperti di tassonomia tradizionale e molecolare per formare la prossima generazione di scienziati che si possano occupare di tassonomia integrativa.
4. Elaborare una proposta progettuale europea per formare esperti di tassonomia integrativa di nuova generazione in grado di creare, testare e analizzare metodi innovativi per il monitoraggio della biodiversità marina.

 

Organizzato da Dipartimento di Scienze Biologiche, Geologiche ed Ambientali (BIGEA), Università di Bologna e da Centro Interdipartimentale di Ricerca per le Scienze Ambientali in Ravenna (CIRSA) con il supporto Fondazione Flaminia

 

Per informazioni contattare: Dott.sa Federica Costantini, Università di Bologna, federica.costantini@unibo.it, +39 0544 937311, mob +39 333 6967820; Via S. Alberto 163, I-48123 Ravenna, Italy

 

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Partecipanti

1. Federica Costantini, University of Bologna, Dipartimento di Scienze Biologiche, Geologiche ed Ambientali and CoNISMa, Italy – conservation and management strategies for coastal habitats; population genetic and genomic – federica.costantini@unibo.it
2. Marco Abbiati, University of Bologna, Dipartimento di Beni Culturali, and CoNISMa, Italy – conservation and management strategies for coastal habitats; population genetic and genomic – marco.abbiati@unibo.it
3. Marina Antonia Colangelo, University of Bologna, Dipartimento di Scienze Biologiche, Geologiche ed Ambientali and CoNISMa, Italy – marine benthos; community ecology  –  marina.colangelo@unibo.it
4. Barbara Mikac, University of Bologna, Dipartimento di Scienze Biologiche, Geologiche ed Ambientali, Italy –  taxonomy, ecology and biology of Annelid Polychaetes  – Barbara.mikac@unibo.it
5. Anne Chenuil  – Centre National de Recherche Scientifique (CNRS)- Délegation Régionale Provence et Corse IMBE (UMR 7263), France – biodiversity conservation and management; metabarcoding; population genetic and genomic – anne.chenuil@imbe.fr
6. Daniel Martin –  Centre d’Estudis Avançats de Blanes (CEAB – CSIC), Spain – taxonomy, ecology and biology of Annelid Polychaetes – dani@ceab.csic.es
7. Xavier Turon  – Centre d’Estudis Avançats de Blanes (CEAB – CSIC), Spain – molecular ecology of benthic invertebrates; Ascidian taxonomy – xturon@ceab.csic.es
8. Laetitia Plaisance – National Museum of Natural History, Smithsonian , USA – metabarcoding – ARMS – PlaisanceL@si.edu
9. Ana Riesgo – Natural History Museum, UK – taxonomy, ecology and biology of Porifera  – A.Riesgo@nhm.ac.uk
10. Giorgio Bavestrello – Università di Genova, CoNISMa, Italy – taxonomy, ecology and biology of Porifera  and Cnidaria – giorgio.bavestrello@unige.it
11. Marzia Bo – Università di Genova, CoNISMa, Italy – taxonomy, ecology and biology of Porifera  and Cnidaria – Marzia.Bo@unige.it
12. Marc Rius – University of Southampton, UK – taxonomy, ecology and biology of Ascidiacea – population genetic-  marcriusvil@gmail.com
13. Owen S Wangensteen – Norwegian College of Fishery Science, Norway –  metabarcoding – owenwangensteen@gmail.com
14. Maria Capa, Universidad de les Illes Balears, Dpto Biologia (ed. Guillem Colom), Spain –  taxonomy, ecology and biology of Annelid Polychaetes – maria.capa@uib.es
15. Kennen O Matterson – National Museum of Natural History, Smithsonian Institution, Washington, DC, USA – metabarcoding, population genetic – Kenanm@gmail.com
16. Olivier De Clerk –  University of Ghent, Belgium – genetics, diversity and distributions of marine macroalgae – olivier.declerck@ugent.be
17. Michelle Leduc – STARESO Marine station, France – environmental monitoring; human activities impact on coastal ecosystems – m.leduc@stareso.com
18. Jose Miguel Gutierrez – TAXON Estudios Ambientales, S.L., Spain – interactions between human activities and the coastline; training, environmental monitoring – jm.gutierrez@taxon.es